冯太后使拓跋丕为骠骑大将军，总管天下各路军马。又颁下懿旨，对乙浑旧部皆不追究，令各将仍领其职，把守边关，同时命拓跋昙、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天赐、拓跋小新城五位皇叔率大军返回封地，静候朝廷奖赏。
乙浑旧部本皆忠勇之士，随乙浑南征北战，俱都立下战功。他们虽然为乙浑部下，却对皇帝忠心无比。乙浑调动他们，压根没人知道乙浑是有谋反之心。见乙浑被诛，拓跋昙、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天赐、拓跋小新城五位皇叔带大军压境，俱都心下惊恐。
乙浑旧部俱各惊恐，思乙浑谋反，其必受株连之罪。各将领为拓跋昙、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天赐、拓跋小新城五位皇叔领大军牵制，互相之间不得联络。乙浑旧部思之，欲保性命，唯有与各位皇叔殊死一战，以突破重围，投奔北方柔然或南朝刘宋。
正在他们被围困之机，忽太后懿旨传到军营，在懿旨中表彰各位将军劳苦功高，俱为大魏忠勇之臣，与乙浑谋反并无关系，故太后降诏，令各将领依旧领兵镇守边关，各安其职。乙浑旧部绝处逢生，俱感太后大德，各各上表言忠于朝廷。
冯太后解决了兵变之患，保留了中央政权的实力，不使诸候王力量过分壮大，北魏的天下基本安定。冯太后下一步的策略是控制朝臣，令朝臣尽为太后所用。
于文成帝、冯太后及献文帝有恩的重臣，平原王陆丽为乙浑矫诏骗入京城所杀。当初假献计于乙浑，实欲保住陆丽司卫监穆多候也因为陆丽不听其劝阻，阴差阳错导致陆丽被乙浑所害而自刎。冯太后感其恩，决定重用陆丽之子陆定国。
陆定国是平原王陆丽的长子，文成帝在陆丽的拥戴下当上皇帝时，他还是婴儿。文成帝龙驾亲临陆丽府中时，看到陆定国长得甚为可爱，心中颇为喜欢，便下旨把陆定国送到宫中抚养。
后来文成帝拓跋濬的皇长子拓跋弘出生了，陆定国象哥哥一样，从小就和皇长子拓跋弘一起玩耍、读书。拓跋弘继位为献文帝，乙浑被诛后，冯太后封陆定国为东郡王，不久任为殿中尚书，掌管禁宫内外宿卫御林军。这陆定国和他父亲陆丽一样，忠于拓跋氏和太后，封为殿中尚书后，自是尽心尽力，不敢怠慢。冯太后如此安排，皇宫的安全便有了保证，不再担心朝中有乙浑的余党伺机作乱。
冯太后虽把拓跋丕升为骠骑大将，那只不过是权宜之计。拓跋丕年迈，且才能并无过人之处。太后封其为骠骑大将军，只为念其诛杀乙浑有功，同时用年迈并不强势的拓跋丕来统领军队，也能起到安抚乙浑旧部的作用。
但北魏腹背受敌，仅施仁政还是不能保障北魏的安危。于是，冯太后便把陇西王源贺调回京城，升为太尉。太尉一职，有权调动天下军马，位居三公之首。冯太后废了乙浑矫诏自立的丞相一职，恢复三公互相制约的局面，源贺便成了太尉的最佳人选。
源贺在宗爱弑帝，拥戴文成帝即位时立了大功。得文成帝册封为陇西王，奉命镇守陇西，文成帝兼任他为冀州刺史。冀州是北魏最富庶的地方之一，源贺在这儿当了七年刺史，做事果断，为政清廉，赢得了很好的口碑。
因此，当冯太后在诛杀乙浑后，欲报答源贺昔日之恩，又看中源贺的统兵能力，便欲以源加为太尉。冯太后在朝堂之上宣布废除丞相职务，恢复三公，故意让朝臣们议论太尉的人选。
朝臣们议论纷纷，一时推举了好多个人。见朝臣们争执不下，冯太后这才提议由源贺加任太后。朝臣们见太后亲自提议，思得冀州在陇西王源贺管理下是北魏治理得最好的州县，又因为源贺地位高，功劳大，位居司徒刘尼和司空和其奴之上，当无异议，便俱都称颂太后英明决定。
冯太后便发懿旨，从翼州宣回源驾，俱其为太尉。由此，太尉源贺、司徒刘尼、司空和其奴三公俱为冯太后亲信，而且这三公之间私交也甚好，俱都清正廉洁，便成为冯太后管理朝政最放心的得力助手。
冯太后在确立了治理天下的基本班子之后，便要开始思考如何处理乙浑党羽的难题了。她心中明白，乙浑大权独揽之时，百官中颇多奉迎之人。如果按照太武帝拓跋焘、文成帝拓跋濬那时的政策，对于参加谋反之人，或与之有关联者，俱都在诛杀满门。
群臣中，为此日夜担惊受怕者甚众。冯太后心中明白，如果按照旧政，只怕一轮杀戮下来，朝堂之上百官所剩无已。她心中决定，实施仁政，给有过错的百官一个悔过自新的机会。
因此，冯太后在稳定了军队，确立了朝廷核心基本构架后，下面的重要策略便是减少树敌，争取人心。冯太后清楚地认识到，乙浑能如此猖獗，绝非他一人之力所为，肯定有众多追随者，其中不乏见风使舵、谋取私利者。
因此冯太后临朝称制后，肯定要处置乙浑党羽，以震慑天下有不臣之心者，但她已经决定，要把追随过乙浑的人区别对待。
冯太后把追随乙浑人根据不同的情况，分成限四类。第一类人趋炎附势，为虎作伥。这些人几乎都犯有大罪，因此太后懿旨，尽皆诛杀满门；第二类人是误上贼船，曾经做过坏事，但事后能悔改，不再与乙浑同流合污。此类人以贾秀为代表，冯太后下诏，削除贾秀官职，贬为庶民，赦其不死；第三类人是一时糊涂，随声附和的。对这种人，冯太后责令吏部、刑部祥细核查，从轻发落；第四类人是并不是自己主动巴结乙浑、而是为乙浑权势所逼，不得已为乙浑所用的。对这部分人，冯太后降诏俱不追责，仍居其爵而不动。