曾有宦官对冯太后搬弄是非，谮说孝文帝的坏话。冯太后盛怒之下，又把孝文帝拓跋宏痛打了一顿。孝文帝默然接受，并不自明申辩。他对祖母太皇太后，没有丝毫的怨言与不满。也许是冯太后被孝文帝的态度感化了，也许是从未生养的冯太后对自己亲自抚养长大的孝文帝动了恻隐之心，此后她对孝文帝再也没有动过火气，而是以一个慈祥的祖母的身份培养、训导这位雅有至性的皇孙。
同样，孝文帝也逐渐感到祖母皇太后是那样的和蔼可亲，并且也为她临朝时那钢铁般的性格和无所畏惧的气度所威慑，对她产生了深深的敬佩与仰赖。正因如此，孝文帝逐渐成为冯太后得意的事业继承人。
由于冯太后的亲自教育与监督，孝文帝手不释卷，刻苦读书，日复一日，孜孜以求，不仅对儒家经典的精奥谙熟于心，而且史传百家，也无不涉猎，成了一位颇有才学的皇帝。据说他的诗赋文章皆即兴而作，立笔而就，即使有时因事情紧急，骑在马上口授章草，待其勒定成稿也不改一字，有大手笔之风度。
正在冯太后临朝称制，又于后宫之中精心培养孝文帝拓跋宏时，献文帝却在抓住机会，不甘心深居宫中，以太上皇名义对天下发号施令，重新培植自己的势力，这引起了冯太后的强烈不满和高度警觉。
天不可有二日，国不可有二君！大魏皇宫之中竟然存在着两个政权，而且这两个政权经常政见不合，岂不乱了国度？为了大魏的前途，也为了自身的安全考虑，更是为了扫清孝文帝亲政成为一代明君实行新政、革除弊端，冯太后暗下决心，必须除掉献文帝拓跋弘。
虽然冯太后一度视献文帝为已亲生，甚至凭一已之力，力挽狂澜，诛杀权臣乙浑，巩固献文帝的皇位，然而，献文帝不满太后临朝称制，处处与太后作对，暗中削弱冯太后的影响力，同时培植自己亲信，并诛杀了冯太后的精神依托李奕，这让冯太后感到心寒不已，母子之情已绝。
承明元年六月，朝廷突然宣布戒严，京师平凉气氛紧张，宫禁之中更是戒备森严。不久，太上皇应召前来晋谒冯太后，被伏兵一拥而上擒拿住，强行软禁起来。随后，冯太后将其鸩杀于平城永安殿。
冯太后得到冯熙的密报，言孝文帝的外祖父南郡王李惠，亦即献文帝的岳父，多次趁进宫之机，挑唆孝文帝与冯太后不合。冯太后闻得孝文帝不为所动，心中更是喜欢，。她相信自己这一次再也不会看错人了。
为绝后患，更是为了大权独揽，冯太后以谋叛罪诛杀了孝文帝的外祖父南郡王李惠。李惠的弟弟、儿子和妻子也同时被杀。为了清除隐患，冯太后不惜大开杀戒，以致因猜忌嫌疑被覆灭者十余家，死者数百人。
不过，冯太后对那些明显没有政治野心者，往往能加以安抚笼络。如献文帝的亲信任内三郎的娄提，曾因献文帝被害愤然拔刀自刎，幸而未果。冯太后不仅不怪罪他，反而下诏嘉奖他的节义。有些心怀不满的大臣被她的举动所感服，这在很大程度上化解了潜在的不安定因素。
由于培植起一个忠心耿耿的政治集团，冯太后的临朝专政取得了成功，所谓‘事无巨细，一禀于太后，太后多智，猜忍，能行大事。杀戮赏罚，决之俄顷，多有不关帝者。是以威福兼作，震动内外’。而尤为令人称道之处在于，冯太后运用高超的政治智慧和钢铁般的手腕，纵横捭阖，排除干扰，对北魏的政治、经济和风俗习惯进行了卓有成效的改革。
太和，是孝文帝的年号。历史上把这一时期的一系列改革称为‘太和改制’。由于旧史的记载，人们往往在习惯上把这一功劳归于孝文帝，甚至径直称为‘孝文帝改革’，而忽视了冯太后的实际作用。
其实，在公元490年（太和十四年）之前，冯太后一直临朝听政，作为北魏的实际执政者，她是‘太和改制’真正的主持人。翻开史籍，冯太后勇于改革的蓬勃英姿便会展现在后世读者面前。这一改革所取得的巨大成效及其深远的历史影响，正说明冯太后是一位成功的政治家。
冯太后采取了许多重大改革措施，对于促进北魏由鲜卑族落后的生产方式向汉族先进的封建生产方式的过渡，即封建化起到了推动作用。此外，为了使鲜卑族逐渐适应汉族人民的生活方式和礼仪制度，冯太后大兴教育，尊崇儒法，禁断卜筮、谶纬之学，从而开始了鲜卑族的汉化过程。这一点，又为后来孝文帝迁都洛阳，推行大规模的汉化措施打下了基础，清除了障碍。
公元490年即太和十四年九月，四十九岁的冯太后死于平城皇宫的太和殿，谥号文明太皇太后。她临终时，曾降遗旨，并书之金册，安排了自己的后事。遗旨说：她死后，逾月即行安葬。山陵之制，务行俭约，其幽房设施、棺椁修造，不必劳费。陵内不设明器，至于素帐、缦茵、瓷瓦之物，亦皆不置。
冯太后的死，使孝文帝痛不欲生，五日内他滴水未进，毁慕哀悼。对太后的陵墓规格，尽管高闾、游明根等鸿儒重臣多方要求按太后金册遗旨办，孝文帝仍坚持将坟陵拓宽六十步，实际上这是对国君的葬礼规格。
当年十月，冯太后被安葬在自己生前选定的墓地——方山永固陵（今山西大同北），没有和文成帝合葬。孝文帝为了表达自己的孝谨，在永固陵东北约一里处，为自己营造了寿宫，准备死后也埋葬在这里，永伴抚养自己成长的祖母太皇太后，以体慰她阴间的孤独。后孝文帝迁都洛阳，全面实行汉化——这使“太和改制”再奏高歌，将洛阳瀍水以西的北邙阪作了皇家的陵寝之地，方山虚宫后来仅号为‘万年堂’。
冯太后一生的丰功伟绩，奠定了其在史上的‘千古一后’的地位。她推行的‘太和改制’，为促进民族大融化作出了不可磨灭的功勋，也为后来的隋唐天下一统奠定了基础！