一传十、十传百，前来观看刻在石碑上的国史人越来越多。人们开始议论纷纷，他们看到了国史中记载的鲜卑族发迹时的种种不光彩之事，这件事很快便传到了太武帝耳中。
以司徒崔浩为首的文人，得太武帝口谕，国史务必按照史实来写。他们如果不照实书写，那便是抗旨，这是杀头的大罪。因此，文人们俱都老实记载。可他们哪料到，国史修好并书于石碑之后，可把太武帝拓跋焘惹得龙颜大怒。
当皇帝的人，普天之下，唯他独尊，自然没有什么畏惧之事。但帝王都有着极强的虚荣心，最怕的是在他死后，有不光彩的事，留在史书上，被人指点。
听得密报，言史官把鲜卑族一些见不得人的事都记载了下来并刻在石碑上，供天下之人任意观看，太武帝龙颜大怒，决心“暴扬国恶”。他下令把崔浩及其属下下统统抓起来，降旨统统处死。
当太武帝降下诏下令时，太子拓跋晃知道了，心急如焚。太子拓跋显知道高允在劫难逃，太子善良，爱才，高允当年效力时，有师生之谊，知道高允是好人，有才学，决心想办法保高允一命。
皇宫里散朝后，都有文武百官轮流值更。那天正好高允在中书省值更，太子拓跋晃便派人去叫来高允。高允到东宫来了，太子什么也不和他说，只是让高允住在东宫。第二天要上朝，太子让高允与他坐同一辆车进宫。进宫后，在上殿前，太子关照他，见着皇上问话，你记得一定要按照我的口气说。
高允大为不解，问太子拓跋晃发生了什么事！太子道，你什么也不要问，面见皇上后，你顺着我的意思说就行了。进了殿后，上朝，太子主动向太武帝报告，说高允长期在东宫效力，一直小心谨慎，做事严格细致，虽然也参加撰写了国史，然高允是听命于崔浩，不得不那么做，恳请皇上赦免他。
太子心中明白，作为修国史的主要负责人，崔浩是绝对保不住的，肯定得死，现在无论如何要保下高允。所以太子采取的办法是把所有过错，都推在了必死的司徒崔浩身上。
太武帝心中自然明白，高允是在东宫多年，现在他主要是中书省侍郎，负责中书省的事，在修国史上，高允还没起到关键的作用。太武帝拓跋晃知道太子是念师生之情，要保高允。太武帝喜欢这个儿子，也有意装糊涂，准备放高允，就问高允道：“皆崔浩所作否？”
高允如果这时顺着太子和太武帝的意思，立即点头称是，便可获得赦免。可是他是书生，骨气高傲，竟然答道：“回皇上，《太祖纪》是邓渊所写，关于明元帝的《先帝纪》和《今纪》是我和崔浩一块写的。而且崔浩事务繁多，只是全面负责，具体的注疏，臣多于崔浩。”
太武帝大怒，崔浩都灭五族了，高允能不杀吗？太子赶紧向父皇报告，高允是一个小官。一看皇上震怒，吓糊涂了，不知道怎么说了。太武帝知道太子为高允开脱，强压怒气，再给高允一个台阶，问高允道：“如东宫所言不？”
高允说：“皇上，臣高允知道犯了天威，论罪肯定要灭三族的，我不敢说假话，其实是因为太子念我教过他，可怜我，才故意这样说为我开脱。“
高允就是这样的人，典型的书生气，不肯谄媚而说假话。太武帝又气的又为之感动，就对太子说道：“高允这样的人太难得了，是忠臣。面临生死攸关，仍能坚持说实话。太难得了。宁可少杀一个，赦免他吧。“
太武帝下令传崔浩，让别的大臣审崔浩。崔浩也是慌乱了，主要是要连累家人与亲友。太武帝虽然赦免高允，可仍派太监负责审问高允与崔浩的事，高允答得井井有条。太武帝气得没辙，想饶高允都饶不了，毕竟高允让皇帝下不了台。
他知道太子要保高允，就让高允起草诏书，说明为什么必须诛杀崔浩等人。高允被押到偏殿去起草诏书，良久不见动静。太武帝派人去催，高允推说没写完，再催，还是说没写完。后来太监报告说，高允有事要当面向皇上禀报。
侍卫把高允押来后，高允说：“浩之所坐，若更有余衅，非臣敢知，直以犯触，罪不至死。崔浩是否还有别的罪行，臣高允不知；如果只是因为崔浩编《国记》，冒犯了天威，罪不至于杀头。当年修国史之时，可是皇上亲口说过要务必实录，皇上可不能出尔反尔呀！”
太武帝气得够呛，却也没办法，自己确实说过。而且确实没别的罪。如果不杀，脸面何在？于是太武帝想了一个体面的办法，下诏把崔浩诛灭五族，其他的人只杀本人。皇上落个好名声，坚持了原则，宽大为怀，虚心纳谏了。不杀高允，并采纳了他的建议。当时临刑时，被诛的1(人中有一个高级官员感叹，高允真是圣人哪！
—贫如洗的高允，第二个优点是把笔匡国。他是有名的清官，能坚持纠正皇帝的错误。耿直的脾气改不了。到了文成帝之后，还是这样。文成帝挺喜欢他。一次文成帝说：“高允真忠臣也，朕有是非，常正言面论，于朕所不乐闻者，皆侃侃言说……”
文成帝赏识高允，称赞完毕，话锋一转，开始批评其他人，升高允为中书令。平原王陆丽说，高允家里特别穷，朝廷赏赐时，到不了他，北魏的官员没俸禄，他的级别小，赏赐不到，高允的妻子儿女生活艰难。
文成帝大为生气，怒斥陆丽不早说。当天文成帝便和皇后冯媛一起率文武百官到高允家看去了，一看，家里只有草屋几间，被子是布料的，絮都钻出来了，老婆穿的是布衣，儿子上山砍柴，厨房里只是咸莱。文成帝感慨不已，当场赏赐。高允的穷一是因为不贪污，二是因为赏赐所得接济更穷的人了。