大理寺所掌为“审谳平反刑狱之政令”。要做到“推情定法”，“刑必当罪”，使“狱以无冤”是很不容易的。所以大理寺官员选任之当否是非常重要的，据《梦余录》记载，宣德时，吏部尚书蹇义特为此事向宣宗上疏说：
刑部都察院职典刑名，而大理寺尤专详谳。居是职者，必得其人。其官属，宜从堂上官精加考，庸劣不称者黜之，贪婪苛刻者罪之，其有作奸犯科者，责令互相纠举。违者，一体论罪。
蹇义奏疏所提出的原则实际上是无法实行的，尤其是明中期以后，大理寺之权竟落入“庸劣不称者”之手。以至刑狱不清，冤案四出。所以，嘉靖六年（公元1527年），黄绾又上疏世宗：
法司所以理刑名，至于大理寺职司参驳，关系尤重。凡任两寺官，非精律例，见出原问官之上，何以评其轻重，服其心乎？近见两寺官，有初入仕途，律之名例尚未通晓，即欲断按庶狱，未免有差。原问官因得指摘罅漏，借为口实，至于参驳。本寺亦不降心，辄逞雄辩，往复数次，淹累囚众，至不得已，将就允行。刑狱不清，职此之故。
由于用人不当，庸劣当权，不精律例，偏执己见，因而拷掠成狱，“捶死狱中”，论罪不当，“重囚称冤”者往往有之。但明代也有一些大理寺卿能公平理狱，执法不阿。如《明史·虞谦传》记载仁宗时，虞谦为大理寺卿、吕升为少卿，能“悉心奏当，凡法司及四方所上狱，谦等再四参复，必求其平，尝语人曰：‘彼无憾，斯我无憾矣’。”又《明史·马森传》载，马森为大理卿，屡驳疑狱，与刑部尚书郑晓、都御史周廷称为“三平”。但大理寺卿有时也受到权臣的制约，不能公正治狱，《明史·王用汲传》载，万历时，王用汲为大理少卿，遇法司议胡槚、龙宗武杀吴仕期案，定胡、龙二案犯谪戍。用汲认为量刑不公，驳奏曰： “按律：刑部及大小官吏不依法律，听从上司主使出入人罪者，罪如之。盖谓如上文‘罪斩，妻子为奴，财产入官’之律也。仕期之死，槚非主使者乎？宗武非听上司主使者乎？今仅谪戍，不知所遵何律也？”神宗欲从用汲之言，可是阁臣申时行等则认为仕期自毙，宜减等。这个依法本该判处死刑的案犯，就以谪戍从轻发落，可见在封建社会，正直的刑官往往不能维护法律尊严的。明代的大理寺与刑部、都察院合称为“三法司”，国家的重大案件，常由“三法司”会审。但是中期以后，大理寺执法之权被夺，实际上只能核阅案卷而已。
明代初年，对宦官的限制非常严格，据《昭代典则》记载，洪武二年（公元1369年）八月，在确定内侍官制时，太祖诏谕吏部说：
朕观《周礼》，阍寺不及百人，后世多至数千，卒为大患。今虽未能复古，亦当为防微之计。此辈所事，不过供洒扫，给使令而已。若求善良，百无一二。用为耳目，即耳目蔽；用为心腹，即心腹病。驭之之道，但当使之畏法，不可使之有功。有功则骄恣畏法则检束，自不为非也。可见明太祖对宦官祸害的认识是很深刻的。洪武六年（公元1373年）十一月，特命延臣考究前代纠劾内官的办法。礼部议置内正司，设司正、司副各一人，专门纠察内官失仪及不法的行为。据《明会要·职官十一》引《明政统宗》载，洪武十年（公元1377年）五月，有一个内侍官因在内廷时间较久，偶而言及政事，当即被太祖斥遣归还乡里，并令终身不得叙用。又对诸臣说：
此辈日在左右，其小忠小信，足以固结君心。及其久也，假窃威权，以干政事，遂至于不可抑。自古以此辈乱者多矣。今立法不许寺人干预朝政，决去之，所以惩将来也随后规定内臣不许读书识字。洪武十七年（公元4年），特铸一个铁牌，上刻文字：“内臣不得干预政事，犯者斩。”置于宫门之中。又敕令诸司，不得与内官监文移往来。自古以来，对宦官之禁，未有如明太祖之周备。当时有个御用监名叫杜安道，以镊工侍太祖数十年，朝中许多机密计议他都知道，但他个性慎密，严遵太祖的禁令，在诸大臣面前仅一揖而退，从不启口泄漏机密。太祖对他很宠爱，但不给予优遇，后来迁出为光禄寺卿。
洪武末，太祖重新整顿宦官机构，定十二监及各司局，并制定宦官的品秩和待遇。《明史·宦官传序》说：
明太祖既定江左，鉴前代之失，置宦官不及百人。迨末年颁《祖训》，乃定为十有二监及各司局，稍称备员矣。然定制，不得兼外臣文武衔，不得御外臣冠服，官无过四品，月米一石，衣食於内庭。
后来宦官设置不断增多，《明史·职官志三》说：“宦官……十二监、四司、八局，所谓二十四衙门也。”其机构之庞大，为历代所无。因各监、司、局官称职掌繁杂，二十四衙门官制简述:
十二监:每监各太监一员，正四品，左、右少监各一员，从四品，左、右监丞各一员，正五品，典簿一员，正六品，长随、奉御无定员，从六品。此洪武旧制也。后渐更革，详见各条下:
司礼监，...............提督掌督理皇城内一应仪礼刑名，及钤束长随、当差、听事各役，关防门禁，催督光禄供应等事。掌印掌理内外章奏及御前勘合。秉笔、随堂掌章奏文书，照阁票批朱。掌司各掌所司。典簿典记奏章及诸出纳号簿。
内官监，掌印太监一员，总理、管理、佥书、典簿、掌司、写字、监工无定员，掌木、石、瓦、土、塔材、东行、西行、油漆、婚礼、火药十作，及米盐库、营造库、皇坛库，凡国家营造宫室、陵墓，并铜锡妆奁、器用暨冰窨诸事。
御用监，掌印太监一员，里外监把总二员，典簿、掌司、写字、监工无定员。凡御前所用围屏、床榻诸木器，及紫檀、象牙、乌木、螺甸诸玩器，皆造办之。又有仁智殿监工一员，掌武英殿中书承旨所写书籍画册等，奏进御前。
司设监，员同内官监，掌卤簿、仪仗、帷幕诸事。
御马监，掌印、监督、提督太监各一员。腾骧四卫营各设监官、掌司、典簿、写字、拿马等员。象房有掌司等员。
神宫监，掌印太监一员，佥书、掌司、管理无定员，掌太庙各庙洒扫、香灯等事。