这四个元军残余势力，”引弓之士不下百万，归附之部落不下数千里”，还拥有大批的牛羊、武器装备，战争潜力非常巨大。
元将王保保的传奇
扩廊帖木儿（王保保）是元末比较有名的地方实力派，他是河南沈丘人。今天，很多人知晓他要归功于金庸的武侠小说《倚天屠龙记》。在该书中王保保是个非常忠于元朝皇帝的将领。在现实中也是如此，王保保对元顺帝忠心耿耿，连朱元璋都称赞他。元王朝是从蒙古高原上崛起的王国，元太祖成吉思汗几乎是白手起家，依靠过人的才智，短短几十年内就成为世界为之颤抖的人物。因而，朱元璋非常害怕元顺帝及其后来者，会像成吉思汗一样在短短的时间内再次崛起。故此，攻克大都后，朱元璋立即决定兵分两路乘胜追剿元军残余势力。明军主帅徐达率一路出西安，主要目标是攻占定西、临洮等地，追击盘踞甘肃一带的扩廊帖木儿、李思齐等人；另一路从居庸关出发继续追击逃亡漠北的元顺帝。出西安的明军，于洪武二年三月攻占凤翔府，将盘踞关中的元将李思齐击败。李思齐一退数百里，逃到甘肃临洮，观望明军进攻方向，同时摆出进入青藏高原的架势。徐达和明军各路将领商讨形势后认为，临洮是甘肃的军事要地，如占据临洮明军就可以夺取战略上的主动，向西南可以取河湟，向西可攻河西走廊。于是，明军在徐达的指挥下，一路西进，先后攻克陇县、天水、武山、直抵巩昌（今陇西），元军守将不战而降。随即攻克定西，然后明军分两路进兵，冯胜率一队人马取临洮；顾时、戴德率领一路进攻兰州。此时元军残余势力已四分五裂，人心不稳。李思齐无奈投降了明军，而兰州也被明军顺利攻占，占据兰州、临洮后，明军分兵进攻各地，陆续攻取会宁、静宁、平凉等地。至此，兰州及其周边的大部分地区为明军攻占，洪武二年九月，徐达、汤和等人率军班师回南京。谁知明军刚退，扩廊帖木儿就从河西卷土重来。兰州首当其冲，被扩廊帖木儿的大军团团围住。
大战沈儿峪
兰州守将张温一边坚守，一边派人向朝廷求救。扩廊帖木儿兵力强大，不仅在今天兰州白塔山东侧的山上修筑了王保保城，而且派出10万人马攻占定西和兰州间大片地方（即东岗镇到榆中车道岭一带），切断了兰州和定西之间的联系，其时，黄河已经结冰，蒙古骑兵通过冰桥很自由地在黄河上来往。扩廊帖木儿（王保保）围困兰州后，为了便于防守，除了在黄河北白塔山东侧修筑了一座城堡，又在东岗镇一带的山上修筑了城堡。
面对西北地区严重的局势，明政府再次出动大军征讨。此次，依旧是兵分两路。徐达率邓愈、汤和过潼关，大军直逼扩廊帖木儿。李文忠、冯胜则出居庸，追击漠北元军。徐达率军进逼定西，扩廊帖木儿（王保保）退守沈儿峪。沈儿峪当在今天定西和榆中交界处的车道岭。车道岭是平凉、天水通往兰州的咽喉，是一条西北东南走向的黄土山梁，长约24公里宽约3公里，最高处海拔2457米，如今316国道由此通过。但是也有部分专家认为，在今天的定西搀山口一带。元明两军隔一条山沟对垒。这场战斗极其惨烈，两军一日发生数次大战。一开始势均力敌，不分胜负。明军远道而来，元军则以逸待劳，故而争夺极为激烈。最后，身为统帅的徐达亲临前线杀敌，明军士气大振，才将元军击败。此次大战明军全歼元军，俘虏元郯王、文齐王及国公阎思考、平章哈扎儿、虎林赤等官佐1865人，普 通士卒84500余人，马15280匹。其他的骆驼、驴、骡、牛、羊数以万计。扩廊帖木儿和妻子数人从宁夏黄河中漂浮的木头上渡河逃走，投奔和林。至此，甘肃境内已无元军主力，明军分派各军攻掠各地。邓愈克河州（今临夏市），大批吐蕃部落归降，明政府依照元代旧制，把归降的部落首领封分为土司。第二年，冯胜、傅友德再次西征。冯胜命颖川侯傅友德为前锋率五千骑兵，直取凉州，击败元将失喇军，缴获大批军用物资。而冯胜则沿河西走廊向西进攻，先后攻占甘州、肃州、额济纳、瓜州，至此甘肃彻底归明中央政府管辖。
四、常遇春、李文忠攻开平之战
洪武二年常遇春，李文忠攻开平之战，一举拔掉元上都，元顺帝仓皇逃窜，一年后病逝，此战后，明朝修筑了开平卫，俯瞰整个北方蒙古草原，之后的几十年，虽然蒙古人偶有胜仗，但基本都是被明军追亡逐北。
点评：虽说徐达攻克元大都标志着元朝的灭亡，但是在蒙古人败退大草原以后，真正导致明蒙双方攻守易形的则是开平之战，开平是元朝的上都，也是蒙古草原重要的战略要地，夺取了开平，也就意味着卡住了蒙古草原的咽喉，与游牧民族作战，一是要作好打持久战的准备，二是要要建立强大的骑兵队伍，三则是要抢占到关键的战略要地，汉武帝反击匈奴，第一枪就是在河套平原打响，因此才有了后来匈奴的仓皇西逃，唐朝反击突厥，首战也是先取定襄，才有了重创突厥的奇功，而宋之败亡也在于幽云十六州的丢失，使得宋军痛失战略要冲地，百年来一直处于强敌的压迫之下。开平战役的意义也正在于此，虽然此战的战果算不上丰硕，但是战略意义重大，此战后，明朝修筑了开平卫，作为继续进逼蒙古帝国的基地，之后徐达蓝玉等人的一连串胜仗，也正是此战打下的基础。遗憾的是，自宣德开始，处于削弱藩镇势力的目的以及文官统治集团的短视，开平卫最终被废弛，松散的蒙古部落联盟得以继续骚扰长城沿线，以至于酿成了土木的惨案和明朝皇帝被俘虏的耻辱，前人攒钱，后人败光，不知当年病势于柳河川的常遇春将军若泉下有知，当做何感想呢。
五、明军北京保卫战
明正统14年，瓦剌大军在土木堡将明军打得全军覆没，并俘虏明英宗，名将于谦指挥北京保卫战，大破也先大军，迫使其交还英宗。瓦剌军的兵败引起了一系列连锁反应，也先在内讧中被杀，分散的蒙古部落又重新接受了明朝的册封。
点评：十五世纪中叶是世界历史上值得记住的一段日子，从1449年到1453年，东西方两大文明古国---中国与罗马。他们的首都相继遭到蛮族的围困，不同的是：明朝以其充足的国力和出色的指挥打赢了北京保卫战，而东罗马则在弹尽粮绝后国破家亡，被土耳其人亡国灭种。土耳其在东罗马的土地上把奥斯曼帝国推向了极盛，瓦剌人则在北京城下遭受到又一次沉重的打击。事实上，土耳其灭亡东罗马是顺理成章，而瓦剌军兵败北京也是实力使然。在封建时代，如明朝这样的生产力高度发达的帝国，只要内政统一经济稳定，是没有任何国家可以灭亡掉的。宋朝积弱如此，但鼎盛时期的辽国也同样不能灭之，宋朝和明朝最终的亡国，其实是亡于腐败和国内严重尖锐的阶级矛盾，而此时的明朝尚未到这一步。虽然此时的明朝正走向腐败，而朱元璋时期建立的卫所制度已经出现的腐化的情况，但是明军的实力尤存，土木之败确有士兵战斗力下降的缘故，但更重要的还是荒唐的指挥。在明朝朝中，也存在着一批实干派的大臣，英宗被俘虏后，满朝哭哭啼啼，还好有于谦为首的一批明白人坚信明朝必胜。
而另一个需要注意的是，在土木堡五十万大军全军覆没后，明朝又在短短的时间里组织了22万精兵，这种惊人的战争动员能力以及物质基础，都是瓦剌人所无法相比的。于谦并不是一个典型的职业军人，反而是一个文官，而此战也并非是考验他的战场拼杀能力，而是战略部署能力和统筹规划能力，对于此时的明朝来说，只要可以做到君臣一心，三军用命，此战的胜算就已超过八成，于谦很好的协调了各方面的矛盾，圆满的完成了这一切。这一战明朝打败了瓦刺人，但是攻守双方却调了个，从此以后，明军更是龟缩于长城堡垒之中，很少再有大兵团出塞作战的战例。而实力遭到严重削弱的瓦剌人，也没有再对明朝形成致命的威胁，至多只是骚扰明朝边境而已。但是之后于谦对于明朝军队所进行的一系列改革，还是使明军在一段时期里恢复了强悍的战斗力。