宋宁宗赵扩开禧三年(元太祖二年，公元1207年)，成吉思汗派长子术赤征服了林中百姓后，将斡亦剌惕部归忽都合别乞管辖。成吉思汗后与斡亦剌惕部建立了世袭的姻亲关系。土尔扈特部落的贵族们以此为荣，他们的地位相应地发生了变化，因此也成了林中百姓的协同征服者，伺候受到了成吉思汗的许多嘉奖和赏赐，人民生活也相应发生变化，在历史上仍然称斡亦剌惕部或客列亦惕部。
宋嘉定十年(元太祖十二年，公元1217年)，成吉思汗再次派术赤镇压了秃马惕部叛乱后，土尔扈特部落的牧区扩展到秃马惕故地乞儿吉思地区(今俄罗斯中西伯利亚高原西侧叶尼塞河上游)。随着成吉思汗的西征，并收复新疆，作为黄金家族属民的土尔扈特部落，开始扩散到天山南北和中亚各地参加征战。
宋嘉定十一年(元太祖十三年，公元1218年)，土尔扈特部落被蒙古大汗将军哲别所召，参加征讨屈出律军队的战斗，大败屈出律的军队于塔里木盆地南部巴达哈桑山中，天山南麓喀什噶尔、鸭儿看、和田诸城依次而下。迄此天山南北各地皆归蒙古汗，新疆割据纷争的局面才宣告结束，也为元、明两代成吉思汗的后代统治天山南北各地打下了基础。
宋理宗赵昀景定元年(元世祖元年，公元1260年)，成吉思汗的孙子薛禅汗孛儿只斤·忽必烈借助内地汉族地主的强大势力，在开平夺取了蒙古汗国的大汗位，这引起出也是身于黄金家族而又是卫拉特部落的脱勒劣赤女婿阿里不哥的不满。在土尔扈特部落和其它卫拉特部落的支持下，孛儿只斤·阿里不哥在合剌合林也被拥立为大汗。经过四年的战争，孛儿只斤·阿里不哥遭到了惨败，撤退到伊犁河流域。随之，支持孛儿只斤·阿里不哥的土尔扈特部落和其它卫拉特部落，又一次离开八河流域迁徙到察合台汗国境内。
宋景定五年(元世祖至元元年，公元1264年)，孛儿只斤·阿里不哥和支持他的土尔扈特和其它卫拉特各部走投无路，向元世祖投降。当时的土尔扈特部落和其它卫拉特部落虽然已经强大起来，但是受到传统正统观念的影响，没有去争夺蒙古大汗的汗位。而在东蒙古的黄金家族的其他封建主们纷纷去争夺蒙古大汗位时，土尔扈特部落和其它卫拉特部落却支持出身黄金家族的阿里不哥去争夺大汗汗位。因为不管西蒙古封建主军事势力强大到何种程度，除了黄金家族的大元后裔之外，均不可能自己成为东蒙古本土的汗。尽管孛儿只斤·阿里不哥酗酒无度，指挥无方，刚愎自用，屡战屡败，也只得支持这位和卫拉特各部有亲缘关系的大元后裔，甚至导致卫拉特各部大撤退和向元世祖投降也在所不惜。
大元帝国又一次统一了土尔扈特等部落及卫拉特各部落之后，让卫拉特斡亦剌惕的首领做被奴役部落的管理者，管辖属地的部众及领地外，还在谦河一带设置万户府，由黄金家族的子孙担任万户长。元朝至元七年(公元1270年)，元世祖得悉土尔扈特部落及卫拉特各部管理秩序较为混乱，万户府内天酒地，酗酒无度，斡亦剌惕部管理者敷衍了事，不负责任，造成尾大不掉之势。元世祖果断派保定府汉人刘好礼为叶尼塞河上游吉里吉思五部断事官，管理卫拉特各部。刘好礼团结土尔扈特部落和其它卫拉特部落的头领，大胆革除各类弊政，认真审查了多年余积的各种民事刑事案件，并任用土尔扈特部落的王罕之孙阿木胡兰作为助手，协调各部落因为争夺牧地而造成的矛盾，一时八河流域秩序井然。
元成宗孛儿只斤·铁穆尔大德五年(公元1301年)，窝阔台汗的孙子孛儿只斤·海都利用孛儿只斤·阿里不哥的残余势力，占领了察合台汗国的七河流域，并联合察合台汗曾孙孛儿只斤·八剌，继续同元朝斗争。孛儿只斤·海都逝世后的元大德七年(公元1303年)，孛儿只斤·海都的长子孛儿只斤·察伯尔回到原窝阔台继位，汗帐设在叶木尔河，和元朝展开了一系列的拉锯战。
此时，土尔扈特部落和卫拉特部分部落愤然退出了孛儿只斤·察伯尔同元王朝之间毫无意义的内讧。元大德九年(公元1305年)，孛儿只斤·察伯尔正在额尔齐斯河流域同元朝作战的时候，背后遭到了土尔扈特部落和一些卫拉特部落以及察合台汗国其它世系皇子们的袭击，因而惨败。在孛儿只斤·阿里不哥残余势力和海都长子的反元斗争过程中，土尔扈特部落的人民逐渐觉醒，脱离了孛儿只斤·阿里不哥、孛儿只斤·海都子孙的分裂势力，加入了元朝的统一事业。
公元十四世纪中叶，土尔扈特部落参加了统一察合台汗国的战斗。随着孛儿只斤·海都的失败，察合台汗国分裂为东西两部分，而西察合台汗国逐渐穆斯林化。为了区别已经穆斯林化的西察合台汗国，就迫使蒙古王公必须拥戴一个有权威的大汗。当时在察合台蒙古系列中势力最强、影响最大的就是朵豁剌惕部的首领朵豁·播鲁只，他的属地正在西察合台汗国的中间，包括库车、阿克苏等七河流域的一部分。
元惠宗孛儿只斤·妥欢贴睦尔至正八年(公元1348年)，朵豁·播鲁只从伊犁河流域图尔扎的地方，迎接察合台汗孛儿只斤·笃哇的孙子孛儿只斤·秃黑鲁克贴木儿到阿克苏继汗位。元至正二十年(公元1360年)，孛儿只斤·秃黑鲁克贴木儿统一了东西察合台，土尔扈特部落参加了一系列战斗，为维护统一做出了贡献。
随着大元帝国的灭亡，元至正二十八年(公元1368年)，明太祖朱元璋建立了大明王朝，新疆地区、帕米尔高原地区的农牧民起义也风起云涌，他们推翻了察合台汗，孛儿只斤·秃黑鲁克贴木儿也率领部落逃回了东蒙古草原，但土尔扈特部落的人民没有走，他们也一同参加了这次反抗元朝的农牧民大起义。
之后，土尔扈特部落移牧于伏尔加河中下游无主之地一百四十年后，由于不勘忍受沙皇俄国的压迫，于清乾隆三十六年(公元1771年)1月16日，在首领朵豁·渥巴锡汗的统率下，毅然举行武装起义，带领十六万族人东归祖国。在途中，他们前赴后继，打退了沙俄军队无数次的围追堵截，战胜了饥饿、疾病和沙漠，行程万余里，于同年7月20日终于回到祖国怀抱后，全民族仅剩六万余人。在中华民族历史上，朵豁·渥巴锡是一位杰出的爱国主义者和伟大的民族英雄。
土尔扈特部落是蒙古族的一部分，他们自古就生息在中国北部、西部的森林和草原，是一个勤劳、勇敢，有着光荣历史的部落。